抗日战争时期，晋察冀根据地作为“敌后模范的抗日根据地及统一战线的模范区”，除要面对日本侵略者的袭扰、封锁等非常严峻的战争形势外，还因交通不便、土地贫瘠、文化教育不发达、医疗卫生条件落后等原因而遭受各种严重的疾疫侵扰。资料显示，晋察冀边区疾疫流行最广泛、最凶猛者为疟疾、回归热、痢疾、疥疮、肠炎、流感等。从1938年起，晋察冀边区部分县、区每年都有疟疾和痢疾的暴发和流行。1940年秋至1941年，唐县六个区、灵寿两个区、阜平四个区流感、痢疾、疟疾、回归热、伤寒等各种疫病发病人数达111178人，占当地总人数的77.3%。1941年春，兴县寨上村发生伤寒流行，发病420余人，病死70人，发病数占全村人数的16%。疾疫流行造成根据地劳动力的减少和生产力的普遍下降。据1943年10月14日华北军区卫生部医疗队报告，灵邱县五区乞回寺村因疾疫长期流行，健康人口仅有4.1%，病人中疟疾占67.7%，回归热占7.5%，感冒占6%，致使当地劳动力匮乏，农业生产及家庭副业等陷入停顿状态，并且直接影响到根据地部队的战斗力。

基于根据地严重的疾疫流行状况，从抗战初期开始，晋察冀边区政府领导广大卫生工作人员从“一切为了伤病员”“一切为了战争胜利”的目的出发，积极开展各种卫生防疫工作。

建立各级卫生组织。早在1937年11月晋察冀军区成立时，中央军委即下令成立了晋察冀军区卫生部，下设医务、材料、管理三个科，主要负责组建后方医院和各级卫生机构、培训初级卫生人员和筹备药品药材等。1938年1月，各军分区也先后成立卫生部。而在根据地的各个地方，卫生工作最初是由晋察冀军区直接派出干部帮助培训一批基层卫生人员，组建各县卫生院和机关卫生所。一旦发生传染病流行，军区或军分区派出医疗队（组）前往防治，当地医疗机构和乡村医生密切配合。到1944年初，边区各地逐渐建立各级卫生行政机构，配备卫生专业人员，并由部队协助培训。根据地卫生工作的方向方针逐步明确，即以预防工作为主，治疗次之，以积极的预防代替只偏重治疗等，同时开展县级和村级卫生干部的训练工作。截至当年10月，仅冀西、晋东北、雁北、平西的7个专区共培训医生及其他卫生人员1120名，配设专区和县卫生指导员72人、区不脱产卫生协助员228名、村卫生员5010名。

颁布卫生防疫法规。为使根据地卫生防疫工作有章可循，军委总卫生部于1937年颁发了《暂行卫生法规》，对营舍卫生、个人卫生、营养卫生、疾病管理、战地救护等做出了详细规定，并明确提出卫生纪律八条：不乱解大小便，不随地吐痰，不破坏公共卫生；不任意倾倒垃圾污物；室内要清洁整齐；室外要保持一百米以内清洁；个人每日要按时洗面、洗手、刷牙、漱口；要定时洗衣、理发、洗澡、剪指甲；不到厨房扰乱炊事妨害食品卫生；不喝凉水，不乱吃零食。1939年5月，军委总卫生部又发布《卫生部门暂行工作条例》，对各级卫生组织、卫生工作进行部署。1941年5月，中央军委发布对当前卫生工作的指示。遵照军委总卫生部《暂行卫生法规》等，1938年9月中旬，晋察冀边区在山西省五台县耿镇河北村召开第一次全区卫生工作（扩大）会议，确定以眼病、白喉、皲裂、冻伤和呼吸道疾病为预防重点，并对部队个人卫生、公共卫生和防病宣传教育提出了具体要求。1939年到1942年间，晋察冀边区逐步制定各种统一的卫生制度，其中个人卫生规定包括洗脸、刷牙、剪指甲、理发、烫脚、洗澡、洗衣服、晒被子等；公共卫生方面有开展大扫除、大检查、厨房和厕所的清整等制度。到1942年1月，晋察冀根据地已经建立了包括报告制度、会议制度、会诊制度、服药制度等较为完整的卫生行政制度，以及较为严格的各季卫生条规、条令等，有力保障了根据地卫生防病工作的开展。

开展基本卫生常识宣传和教育。针对晋察冀根据地广大农村和山区经济文化落后，保守、迷信和不卫生的习惯并存的现状，广大卫生工作人员根据不同环境气候条件，按季节制订各种卫生宣传教育计划，编印各种卫生教材，采用不同形式（讲课、讲演、出黑板报、出画报等）进行宣传教育。如在预防传染病中，宣讲环境卫生、饮食卫生与传染病的关系，按季节推行清洁扫除、种牛痘和预防天花等，使广大群众逐渐了解预防胜于治疗的道理。根据地还出版和发行各种卫生类报刊予以配合，军区政治部主办的《抗敌报》在1941年3月至6月刊登了《消灭春疫预防春瘟》《排除困难推进卫生运动》《广泛开展防疫工作》《卫生常识——伤寒》等文章，介绍了大量的卫生知识和典型经验。军区卫生部还于1942年8月创办了综合性医学刊物《卫生建设》杂志，发表各种卫生法规、卫生管理细则、卫生宣传和教育等材料数百篇，其中卫生防病、防毒等方面的文章约占三分之一，对推动根据地的卫生防病工作，起了很好的指导作用。

实施各种卫生防疫办法。晋察冀根据地各级卫生部门还采取多种办法阻止疾疫的进一步传染与蔓延。一是组建各种医疗组和卫生防疫队（组），前往疫区进行各种传染病的防治工作。如1943—1945年间，晋察冀军区曾组织部分医药卫生人员，先后在阜平、易县、行唐等地开设“新华药房”，为当地群众防治疾病、培训农村卫生员、建立基层防病机构，深受群众欢迎。整个抗战时期晋察冀根据地共组织了40个医疗队（组），经治病人23万余名，有效地制止了疾疫蔓延。二是创办药厂，加紧各种防疫药品和药材等的生产和投入使用。1939年7月，晋察冀军区卫生部即在河北省行唐县花盆村组建了卫生材料厂，主要任务是采集常山、葛根等草药，晒干备用。1942年10月以后该厂并入伯华制药厂。仅据伯华制药厂抗战期间的不完全统计，该厂共生产药材约48.5万磅，注射液170.9万支，膏剂68.1万帖，其药品的70%均为自制品。晋察冀边区军民还广泛采用一些有效的土方和疗法，如用猪牙草煎汤以作利尿药，酸枣汤代替清凉剂，对肠炎、下痢则采用烧砖烧瓦暖腹部等办法，以克服药品之不足。三是组织中医下乡为群众治病。1941年6月，晋察冀军区卫生部副部长杜伯华发表文章，提出中医有丰富的经验，能治好许多西医无法治疗的疾病；必须克服轻视中医的思想，中西医应有同等地位等。抗战期间根据地党和政府积极动员中医力量，大量自采自制中草药，征集民间药方，有力支援了根据地地方卫生防疫工作。

开展广泛的群众性卫生运动。1939年夏季，边区连日暴雨，冀中许多河流决堤，加上日寇侵袭，导致一些地方疫病大流行。9月30日，晋察冀军区发出冀字第九号训令，军区党报《抗敌三日刊》发表《向疾病现象作斗争》，要求全区部队广泛开展卫生运动，以最大力量来坚决同疾病现象作斗争，彻底消灭病源。1941年2月，《抗敌三日刊》又发表《开展卫生运动》，号召边区军民用一切努力开展卫生运动，战胜病菌之侵袭。1942年1月，晋察冀边区卫生部代理部长游胜华在边区卫生会议报告中，也要求发动全边区人民卫生运动，保障边区人民的健康。在晋察冀根据地党和政府的大力动员下，各地掀起了广泛的群众性卫生运动。1944年太行区行唐县开展除害虫、害鸟、害兽运动，当地居民牛国材一人即捕杀老鼠730只。

这一时期，虽然因日寇频繁扫荡、灾荒和其他因素影响，晋察冀抗日根据地还未形成完整的防疫体系，但根据地积极的卫生防疫举措有力保障了民众的健康和生命安全，巩固了根据地的社会稳定。据1942年和1944年晋察冀根据地葛公村、柏崖村等的健康调查显示，经过几年努力，人民生活和医疗卫生条件得以改善，健康人口大幅增加。同时，根据地卫生防疫工作还转变了民众的卫生观念，增进了民众对边区政府和军队的政治认同。